继续教育学院是学校学历继续教育和非学历继续教育、职业技能培训和鉴定的归口管理部门。设有综合办公室、学历教育部、农社教育部、社会培训部和招生学工部等5个内设机构，现有教职工35人。拥有湖州开放大学（独立法人）、高新职业技能培训中心(独立法人）、湖州农民学院、湖州社区大学、湖州老年开放大学、湖州市远程教育学会（独立法人）等平台。

综合办公室主要负责学院日常行政工作，统筹组织学院各类活动、来访接待，协助做好教学、考试的安全保障等工作。

学历教育部现设有开放教育科和高职教育科两个科室。开放教育科主要负责湖州开放大学成人学历教育管理工作，现有在籍生3000余人。高职教育科主要负责湖州职院成人学历教育管理工作，目前拥有西湖加博、宁波春华等8家校外教学点，现有在籍生10000余人。

农社教育部现设有农民教育科和社区教育科两个科室。农民教育科主要负责湖州农民学院办公室有关工作。始终聚焦湖州乡村“五大振兴”推进体系，高质量推进乡村振兴人才培育。社区教育科主要负责推进社区教育和老年教育工作。组织实施社区教育科研活动和公益讲堂、师资培训等项目，开展老年教育长短班和“浙里康养”研学等活动，举办全民终身学习活动，推广“浙学通”和学分银行等数字化应用。

社会培训部主要负责校内学生培训、职业技能等级认定、政校行企委托培训和各类考试承接组织。

招生学工部主要负责成人学历招生、成人学生的思政、评奖评优和班主任管理及考核工作。

继续教育学院始终按照做强学历教育、做大职业培训、做特农民教育、做活社区教育的发展思路，树立“聚力发展、改革创新、规范管理、确保质量、彰显特色”的发展理念，坚持以服务全民终身学习为宗旨，以社会需求为导向，以学校和地域特色资源为基础，以办学质量和效益为核心，以规范管理为保障，以联合、协同、合作为重要手段，激活继续教育办学活力，积极发展学历继续教育和非学历继续教育，大力开展职业技能培训和鉴定，实现运行制度化、管理规范化、项目精品化、服务专业化，推进学院治理体系和治理能力现代化，为湖州地区继续教育事业和地方经济社会发展贡献力量。